В числе основных научных проектов на кафедре Программной инженерии выполняются:
- Проект «Новые эффективные методы и программы для вычислительно-трудоемких задач принятия решений с использованием суперкомпьютерных систем рекордной производительности», поддержанный Российским научным фондом в рамках Программы фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований. Подробнее»
- НИР “Математическое моделирование и анализ стохастических эволюционных систем и процессов принятия решений” в рамках базовой части государственного задания Министерства образований и науки РФ в сфере научной деятельности по Заданию 2014/134 (Центр прикладной теории вероятностей).