Научные исследования в институте ИТММ проводятся в рамках выполнения НИР по Федеральным целевым программам, государственным заданиям Министерства образования и науки Российской федерации, грантам Российского научного фонда и Российского фонда фундаментальных исследований, а также в рамках хоздоговорных работ с научно-производственными объединениями. Ежегодный объем финансирования НИР составляет 80 млн. руб.